“微生物分子与生理生态学”科研团队由李香真研究员主持， 团队主要从事利用分子生物学的方法，结合现代高通量测序和环境基因组技术，围绕环境中微生物的组成与功能、微生物之间的相互作用、微生物群落代谢的系统调控机理，开展相关的基础和应用研究。主要包括：1. 土壤微生物多样性、生物地理分布规律及气候变化对微生物群落的影响；2. 沼气发酵、废弃物厌氧转化系统中微生物的群落结构、功能及其代谢调控。课题组建设了系统的分子生物学实验室和高通量测序平台，拥有了完备的分子生物学设备及与高通量测序相关的技术体系，对社会开放服务，开展环境基因组、转录组、扩增子测序及生物信息服务。
已获得的研究成果包括：
1．环境基因组技术方法的开发和应用
建立了系统的高通量测序和生物信息学平台，在环境基因组技术方面，开发了土壤微生物高通量检测方法，建设了土壤功能基因（如pmoA, nifH等）生物信息学分析平台等，已经得到了广泛的应用。发表的论文被广泛引用，包括1%高引用率论文一篇。
2． 土壤微生物地理学研究及微生物数据库建设
a) 研究了中国温带草原土壤微生物多样性的时空分布，发现干旱度与细菌多样性成正相关，年均温是预测微生物群落变异的最佳因子
b) 阐明了中国草原土壤甲烷氧化细菌及甲烷氧化潜势的分布规律、关键控制因子及其尺度依赖性
c) 对青藏高原高寒草甸土壤固氮菌进行了研究，发现土壤pH是固氮菌群构建的主要驱动因子
d) 阐明了典型草原土壤微生物群落结构对氮沉降的响应模式。
e)负责全国土壤微生物多样性监测管理，制定监测标准。在全国布设监测样点22个，进行土壤微生物多样性方面的长期监测
f) 首次建设了中国土壤微生物数据库，将土壤微生物物种和基因数据电子化，放到地图上
3． 产甲烷厌氧发酵处理农业废弃物技术研究
h)首次揭示了全国沼气发酵工程系统中微生物群落的构建机制；
i)阐明了温度、活性炭材料等因子影响生物产甲烷系统发酵效率的微生物学机制
j)提出了通过“强化氢型产甲烷途径”而提高产甲烷效率的高温厌氧发酵模式
团队负责人
李香真，博士，中国科学院成都生物所，研究员/博导。2011年底入选中国科学院“百人计划”。 主要从事土壤微生物学和环境基因组学方面的研究工作。 曾担任Scientific Reports、Plos One和Frontiers in Microbial Ecotoxicology and Bioremediation的期刊编委, Annals of Microbiology副主编。近5年来，承担项目共12项；其中主持国家级项目5项，省部级项目3项，国际合作1项，横向合作3项。发表论文共 120 篇，参与编写专著3部。
人才培养
出站博士后：
姚敏杰，博士后（2012-2014），中科院成都生物所工作
安家兴，博士后（2013-2015），四川大学，后人才引进到遵义医学院
王 翔，博士后（2013-2015），重庆大学任教
Petr Heděnec，外青（2014-2015），University of Prague, lecturer
李彤彤，博士后（2015-2017），浙江工业大学任教
寇涌苹，博士后（2015-2017），中科院成都生物所工作
毕业生：
刘 驰，硕士（2012-2015），生物技术公司主管
林强，博士（2013-2016），布拉格大学博士后
张小元，硕士（2013-2016），上海生科院在读博士生
方晓瑜，硕士（2013-2016），农业部沼气所工作
章淼，博士（2013-2016），四川省环境科学研究院工作
李超男，硕士（2014-2017），成都生命基线科技有限公司工作
涂波，博士（2014-2017），农业部沼气所工作
李欢，博士(2014-2017)， 兰州大学青年教授
获奖情况：
国家奖学金：方晓瑜（2015）、李欢（2016）、李超男（2016）王彦苏（2017 ）
朱李月华奖学金：林强（2016）
三好学生标兵：方晓瑜（2015）、林强（2016）
成都生物所优秀博士后：寇涌萍（2016）
近年代表性论文
Xiangzhen Li, Junpeng Rui, Yuejian Mao, Anthony Yannarell, Roderick Mackie, 2014. Dynamics of the bacterial community structure in the rhizosphere of a maize cultivar. Soil Biology and Biochemistry 68:392-401
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