环境微生物四川省重点实验室” 与“中国科学院环境与应用微生物重点实验室”（以下简称“实验室”）分别于2010年5月和2010年12月获准正式成立。

实验室主任李大平研究员，副主任谭周亮研究、闫志英研究员，学术委员会主任曲久辉院士。实验室固定人员56人，其中正高级人员14人，中科院“百人计划”3人 ，四川省学术和技术带头人3人，副高级人员17人，博士导师7名，硕士导师19名。实验室围绕三大研究方向下设4个项目组和1个支撑平台。

实验室定位于环境污染治理的关键科学问题，以微生物学应用技术为手段，瞄准国家清洁生产、节能减排与区域污染治理的需求，紧紧围绕“环境微生物和污染物生物控制、微生物绿色催化工艺与机制以及生物质废弃物微生物转化与过程调控”三大研究方向开展基础与应用基础研究。

近五年，实验室承担973课题、国家科技支撑重大专项、国家支撑计划、国家自然科学基金及其它国家、省部级项目共150余项，实到经费超过1.3亿元。在废弃物、废水的资源化及能源化利用、薯类原料乙醇的生物转化、新型农药的研制与开发、浮萍资源化及环保应用等方面取得显著成果和重要进展。获国家科技进步二等奖1项、四川省科技进步一等奖1项、广东省科学技术奖1项、四川省科技进步二等奖2项等奖项共12项。出版专著3部，发表科技论文290余篇，其中SCI论文185篇；申请专利85件，授权专利65件，转化专利4件。